- Plateforme
Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq)
- Epitranscriptome, ARN, Séquençage à haut-débit, Modifications post-transcriptionnelles
La plateforme Epitranscriptomique et Séquençage (EpiRNA-Seq) est spécialisée et mondialement reconnue dans l'identification et la quantification des nucléotides modifiés au sein des ARN (Epitranscriptomique). Elle s'appuie sur les compétences de l'UMR7365 IMoPA dans le domaine de la biologie moléculaire des ARN.
Installée sur le campus Brabois-Santé de l'Université de Lorraine à Nancy, elle met à disposition de la communauté scientifique académique et industrielle des ressources de haute-technologie (séquenceurs à haut-débit de type Illumina). Depuis 2019, elle est labellisée au niveau local en tant que Structure d'appui à la Recherche (StAR-LUE) dans le cadre du programme INFRA+ de Lorraine Université d'Excellence, et depuis 2021, elle est reconnue au niveau national par le label IBiSA. Elle fait partie du réseau européen COST EPITRAN et organise régulièrement des actions de formation à destination des étudiants et des chercheurs.
La plateforme possède un véritable savoir-faire technique et méthodologique reconnu permettant de contribuer à différents projets d'Epitranscriptomique (RiboMeth-Seq, AlkAniline-Seq, HydraPsi-Seq, RT-Seq) pour aborder des questions scientifiques diverses telles que la dynamique des modifications post-transcriptionnelles dans les ARN.
La plateforme fonctionne principalement en mode collaboratif (implication de la plateforme dans les étapes de votre projet de séquençage de la conception du design expérimental jusqu'à l'analyse statistique des données) mais le mode prestation (principalement séquençage de librairies préparées par vos soins sans implication de la plateforme) est également envisageable dans certaines conditions. La plateforme dispose d'une tarification différentielle (Université de Lorraine, académique et industriel).
La plateforme est ouverte à la communauté scientifique académique et industrielle au niveau local, national et international.
L'équipe est à votre disposition pour vous aider en apportant ses savoir-faires techniques et méthodologiques et vous accompagner de A à Z dans vos projets de séquençage et plus particulièrement d'épitranscriptomique.
La plateforme dispose d'une tarification différentielle (Université de Lorraine, partenaires académiques et industriels).
Tout nouveau collaborateur doit remplir le formulaire de "Demande de prestation" afin de définir la meilleure stratégie à adopter pour la conduite de l’étude, et obtenir un devis. Tout utilisateur s’engagera à accepter les conditions générales (charte utilisateurs). Les instructions pour préparer vos échantillons et les envoyer à la plateforme sont données dans le formulaire "Echantillons".
Freund I, Buhl DK, Boutin S, Kotter A, Pichot F, Marchand V, Vierbuchen T, Heine H, Motorin Y, Helm M, Dalpke AH, Eigenbrod T. 2'-O-methylation within prokaryotic and eukaryotic tRNA inhibits innate immune activation by endosomal Toll-like receptors but does not affect recognition of whole organisms. RNA. 2019 Apr 24.
10.1261/rna.070243.118 , 
31019095 , 
HAL-02113259 Jacob D, Thüring K, Galliot A, Marchand V, Galvanin A, Ciftci A, Scharmann K, Stock M, Roignant JY, Leidel SA, Motorin Y, Schaffrath R, Klassen R, Helm M. Absolute quantification of noncoding RNA by microscale thermophoresis. Angew Chem Int Ed Engl. 2019 Mar 20.
10.1002/anie.201814377 ,
30892798 ,
HAL-02078064 Wei J, Kishton RJ, Angel M, Conn CS, Dalla-Venezia N, Marcel V, Vincent A, Catez F, Ferré S, Ayadi L, Marchand V, Dersh D, Gibbs JS, Ivanov IP, Fridlyand N, Couté Y, Diaz JJ, Qian SB, Staudt LM, Restifo NP, Yewdell JW. Ribosomal Proteins Regulate MHC Class I Peptide Generation for Immunosurveillance. Mol Cell. 2019 Jan 24.
10.1016/j.molcel.2018.12.020 ,
30712990 ,
HAL-02007743 Galvanin A, Ayadi L, Helm M, Motorin Y, Marchand V. Mapping and Quantification of tRNA 2'-O-Methylation by RiboMethSeq. Methods Mol Biol. 2019 ; 1870:273-295.
10.1007/978-1-4939-8808-2_21 ,
30539563 ,
HAL-01957102 Ayadi L, Galvanin A, Pichot F, Marchand V, Motorin Y. RNA ribose methylation (2'-O-methylation): Occurrence, biosynthesis and biological functions. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 2019 Mar.
10.1016/j.bbagrm.2018.11.009 ,
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HAL-01969343 Motorin Y, Marchand V. Detection and Analysis of RNA Ribose 2'-O-Methylations:Challenges and Solutions. Genes (Basel). 2018 Dec 18 ; 9(12).
10.3390/genes9120642 ,
30567409 ,
HAL-01969342 Marchand V, Ayadi L, Ernst FGM, Hertler J, Bourguignon-Igel V, Galvanin A, Kotter A, Helm M, Lafontaine DLJ, Motorin Y. AlkAniline-Seq: profiling of m7G and m3C RNA modifications at single nucleotide resolution. Angew Chem Int Ed Engl.2018 Oct 29.
10.1002/anie.201810946 ,
30370969 ,
HAL-01928435 Gachet S, El-Chaar T, Avran D, Genescà E, Catez F, Quentin S, Delord M, Thérizols G, Briot D, Meunier G, Hernandez L, Pla M, Smits WK, Buijs-Gladdines JGCAM, Van Loocke W, Menschaert G, André-Schmutz I, Taghon T, Van Vlierberghe P, Meijerink JP, Baruchel A, Dombret H, Clappier E, Diaz JJ, Gazin C, de The H, Sigaux F, Soulier J. Deletion 6q drives T-cell leukemia progression by ribosome modulation. Cancer Discov. 2018 Sep 28.
10.1158/2159-8290.CD-17-0831 ,
30266814 Fujikane R, Behm-Ansmant I, Tillault AS, Loegler C, Igel-Bourguignon V, Marguet E, Forterre P, Branlant C, Motorin Y, Charpentier B. Contribution of protein Gar1 to the RNA-guided and RNA-independent rRNA:Ψ-synthase activities of the archaeal Cbf5 protein. Sci Rep. 2018 Sep 14 ; 8(1):13815.
10.1038/s41598-018-32164-0 ,
30218085 ,
HAL-01881964 Khalil A, Medfai H, Poelvoorde P, Fayyad-Kazan M, Delporte C, Van Antwerpen P, El-Makhour Y, Biston P, Delrée P, Badran B, Vanhamme L, Boudjeltia KZ. Myeloperoxidase promotes tube formation, triggers ERK1/2 and Akt pathways and is expressed endogenously in endothelial cells. Arch Biochem Biophys. 2018 Sep 15 ; 654:55-69.
10.1016/j.abb.2018.07.011 ,
30016634
Formation CNRS Entreprises
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La plateforme EpiRNA-Seq vous propose la formation CNRS Entreprises suivante : "Epitranscriptomics: mapping and analysis of RNA modifications by Next-Generation Sequencing".
Cette formation aura lieu du 17 au 19 mai 2021 sur la plateforme de l'UMS2008/US40 IBSLor au Biopôle à Nancy.
Pour vous inscrire : https://cnrsformation.cnrs.fr/epitranscriptomics-mapping-and-analysis-of-rna-modifications-by-next-generation-sequencing?axe=140
Formation Epitranscriptomique (COST Epitran)
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La plateforme EpiRNA-Seq organise en collaboration avec I. Motorine (UMR7365 IMoPA) une école thématique Epitranscriptomique avec le soutien du COST Epitran du 10-13 février 2020 à Nancy (France). Cette formation est destinée principalement aux étudiants en thèse et postdocs.
