- Plateforme
Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq)
- Epitranscriptome, ARN, Séquençage à haut-débit, Modifications post-transcriptionnelles
La plateforme Epitranscriptomique et Séquençage (EpiRNA-Seq) est spécialisée et mondialement reconnue dans l'identification et la quantification des nucléotides modifiés au sein des ARN (Epitranscriptomique). Elle s'appuie sur les compétences de l'UMR7365 IMoPA dans le domaine de la biologie moléculaire des ARN.
Installée sur le campus Brabois-Santé de l'Université de Lorraine à Nancy, elle met à disposition de la communauté scientifique académique et industrielle des ressources de haute-technologie (séquenceurs à haut-débit de type Illumina). Depuis 2019, elle est labellisée au niveau local en tant que Structure d'appui à la Recherche (StAR-LUE) dans le cadre du programme INFRA+ de Lorraine Université d'Excellence, et depuis 2021, elle est reconnue au niveau national par le label IBiSA. Elle fait partie du réseau européen COST EPITRAN et organise régulièrement des actions de formation à destination des étudiants et des chercheurs.
La plateforme possède un véritable savoir-faire technique et méthodologique reconnu permettant de contribuer à différents projets d'Epitranscriptomique (RiboMeth-Seq, AlkAniline-Seq, HydraPsi-Seq, RT-Seq) pour aborder des questions scientifiques diverses telles que la dynamique des modifications post-transcriptionnelles dans les ARN.
La plateforme fonctionne principalement en mode collaboratif (implication de la plateforme dans les étapes de votre projet de séquençage de la conception du design expérimental jusqu'à l'analyse statistique des données) mais le mode prestation (principalement séquençage de librairies préparées par vos soins sans implication de la plateforme) est également envisageable dans certaines conditions. La plateforme dispose d'une tarification différentielle (Université de Lorraine, académique et industriel).
La plateforme est ouverte à la communauté scientifique académique et industrielle au niveau local, national et international.
L'équipe est à votre disposition pour vous aider en apportant ses savoir-faires techniques et méthodologiques et vous accompagner de A à Z dans vos projets de séquençage et plus particulièrement d'épitranscriptomique.
La plateforme dispose d'une tarification différentielle (Université de Lorraine, partenaires académiques et industriels).
Tout nouveau collaborateur doit remplir le formulaire de "Demande de prestation" afin de définir la meilleure stratégie à adopter pour la conduite de l’étude, et obtenir un devis. Tout utilisateur s’engagera à accepter les conditions générales (charte utilisateurs). Les instructions pour préparer vos échantillons et les envoyer à la plateforme sont données dans le formulaire "Echantillons".
Motorin Y, Marchand V. Analysis of RNA Modifications by Second- and Third-Generation Deep Sequencing: 2020 Update. Genes (Basel). 2021 Feb 16;12(2):278.
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33669207 , 
HAL-03165905 Marcel V, Kielbassa J, Marchand V, Natchiar SK, Paraqindes H, Nguyen Van Long F, Ayadi L, Bourguignon-Igel V, Lo Monaco P, Montchiet D, Scott V, Tonon L, Bray SE, Diot A, Jordan LB, Thompson AM, Bourdon JC, Dubois T, André F, Catez F, Puisieux A, Motorin Y, Klaholz BP, Viari A, Diaz JJ. Ribosomal RNA 2′O-methylation as a novel layer of inter-tumour heterogeneity in breast cancer. NAR Cancer. 2020 Dec 22:zcaa036.
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inserm-03103238 Werner S, Galliot A, Pichot F, Kemmer T, Marchand V, Sednev MV, Lence T, Roignant JY, König J, Höbartner C, Motorin Y, Hildebrandt A, Helm M. NOseq: amplicon sequencing evaluation method for RNA m6A sites after chemical deamination. Nucleic Acids Res. 2020 Dec 11:gkaa1173.
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HAL-03093648 Galvanin A, Vogt LM, Grober A, Freund I, Ayadi L, Bourguignon-Igel V, Bessler L, Jacob D, Eigenbrod T, Marchand V, Dalpke A, Helm M, Motorin Y. Bacterial tRNA 2'-O-methylation is dynamically regulated under stress conditions and modulates innate immune response. Nucleic Acids Res. 2020 Dec 4:gkaa1123.
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HAL-03071703 Marchand V, Pichot F, Neybecker P, Ayadi L, Bourguignon-Igel V, Wacheul L, Lafontaine DLJ, Pinzano A, Helm M, Motorin Y. HydraPsiSeq: a method for systematic and quantitative mapping of pseudouridines in RNA. Nucleic Acids Res. 2020 Sep 25 : gkaa769.
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32976574 ,
HAL-02957799 Kristen M, Plehn J, Marchand V, Friedland K, Motorin Y, Helm M, Werner S. Manganese Ions Individually Alter the Reverse Transcription Signature of Modified Ribonucleosides. Genes (Basel). 2020 Aug 18;11(8):E950.
10.3390/genes11080950 ,
32824672 ,
HAL-02929785
Formation CNRS Entreprises
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La plateforme EpiRNA-Seq vous propose la formation CNRS Entreprises suivante : "Epitranscriptomics: mapping and analysis of RNA modifications by Next-Generation Sequencing".
Cette formation aura lieu du 17 au 19 mai 2021 sur la plateforme de l'UMS2008/US40 IBSLor au Biopôle à Nancy.
Pour vous inscrire : https://cnrsformation.cnrs.fr/epitranscriptomics-mapping-and-analysis-of-rna-modifications-by-next-generation-sequencing?axe=140
Formation Epitranscriptomique (COST Epitran)
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La plateforme EpiRNA-Seq organise en collaboration avec I. Motorine (UMR7365 IMoPA) une école thématique Epitranscriptomique avec le soutien du COST Epitran du 10-13 février 2020 à Nancy (France). Cette formation est destinée principalement aux étudiants en thèse et postdocs.
