Plateforme
Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq)
Préparation des échantillons / Extraction des ARN et contrôle qualité
L’étape d’extraction d’ARN d’un tissu ou de cellules issues de cultures ou d’échantillons biologiques est une étape essentielle au bon déroulement d’analyses transcriptomiques et épitranscriptomiques et à l’interprétation des résultats qui en découlent.
La plateforme peut réaliser l’étape d’extraction d’ARN à partir de culots de :
- Cultures cellulaires (monocouche ou suspension)
- Bactéries, Levures, ...
et poursuivre avec une étape d'enrichissement de certains ARN (petits ARN, ARNt, ARNm, ...).
La qualité des ARN extraits est très dépendante des conditions dans lesquelles les échantillons ont été préparés, prélevés et conservés. Une fois l’étape l’extraction d’ARN effectuée, il convient donc de soumettre les échantillons à un contrôle qualitatif et quantitatif :
- La quantité des ARN extraits est déterminée par spectrophotométrie (spectrophotomètre Nanodrop One™, Ozyme).
- La qualité de l’ARN extrait est évaluée par électrophorèse capillaire à l’aide du Bioanalyzer 2100 de Agilent®. Le niveau de la qualité de l’ARN est associé à une valeur de RIN déterminée par l’appareil : plus cette valeur est proche de 10, plus la qualité de l’ARN est satisfaisante.
- Demande de prestation155.41 Ko
- Charte des utilisateurs650.57 Ko
- Feuille de route - Bioanalyzer127.95 Ko
- Échantillons186.79 Ko
Ce service optionnel peut être inclus (sous conditions) pour vos projets de transcriptomique et épitranscriptomique.
Galvanin A, Ayadi L, Helm M, Motorin Y, Marchand V. Mapping and Quantification of tRNA 2'-O-Methylation by RiboMethSeq. Methods Mol Biol. 2019 ; 1870:273-295.
10.1007/978-1-4939-8808-2_21 , 
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HAL-01957102 Marchand V, Pichot F, Thüring K, Ayadi L, Freund I, Dalpke A, Helm M, Motorin Y. Next-Generation Sequencing-Based RiboMethSeq Protocol for Analysis of tRNA 2'-O-Methylation. Biomolecules. 2017 Feb 9 ; 7(1).
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28208788 ,
HAL-01799272
