Adeline Galvanin, étudiante en thèse dans l'équipe 1 (ARN-RNP) du laboratoire IMoPA soutiendra publiquement sa thèse effectuée en co-tutelle avec l'université de Mayence (Allemagne) le mardi 17 septembre à 10h30 amphi 07 à la Faculté des Sciences et Technologies de l'Université de Lorraine.

Elle a travaillé en étroite collaboration avec la plateforme Epitranscriptomique et Séquençage (EpiRNA-Seq) et a utilisé le séquençage à haut-débit pour deux approches, une pour tenter de caractériser finement les ARN extracellulaires, et une pour détecter et quantifier les 2'-O-méthylations des ARN de transfert en conditions de stress.

Venez assister à sa présentation en anglais intitulée : "Use of high-throughput sequencing for the characterization of extracellular RNA and to study the dynamics of bacterial RNA modification".

Pour vous donner un petit aperçu, voici le résumé de ses travaux de thèse :

Depuis une petite dizaine d’années, le séquençage à haut débit est devenu une technique très puissante, sensible et précise pour l’étude des acides ribonucléiques (ARN). Pendant ma thèse de doctorat, nous avons utilisé cette technologie pour la caractérisation en profondeur des ARN extracellulaire (ARNex) provenant du plasma humain. Les ARNex du plasma peuvent être retrouvés soit à l’état « soluble » sous forme de complexes ribonucléoprotéiques (RNP) ou encapsulés au sein de vésicules extracellulaires (VE) de diverses origines (exosomes, microvesicles, …). Dans ce projet, j’ai démontré que le plasma entier contenait principalement des micro ARN et le fragment hY4 ainsi que des ARN ribosomiques dégradés. Par ailleurs, suite à une stratégie rigoureuse via chromatographie à exclusion de tailles ou par traitement consécutif à la protéinase K et à la RNase A, des EV hautement purifiés peuvent être obtenus. Les Micro ARN et le fragment d’ARN hY4 ne sont pas présents en majorité dans ces échantillons, démontrant une grande différence de composition entre les ARNex solubles et ceux des vésicules purifiées. Le contenu ARN de ces VE reflète principalement une composition en ARN du microbiote humain. Par ailleurs, j’ai également effectué une étude comparative de kits commerciaux pour l’enrichissement des exosomes qui sont supposés purifier les exosomes par précipitation. La composition en ARN de ces fractions est très similaire au plasma humain total, montrant une forte contamination non contrôlée par les RNP solubles. Sur la base de cette étude, nous sommes en mesure de proposer un protocole pour l’études des ARNex dans le cadre de biopsies liquides avec des échantillons cliniques afin de découvrir de potentiels biomarqueurs de diagnostic.

Au-delà de la caractérisation d’ARN, le séquençage à haut-débit peut être utilisé pour la détection et quantification des modifications post-transcriptionnelles. Pendant ma thèse, j’ai utilisé le séquençage en profondeur pour l’analyse des 2’O-méthylation des ARN de transfert (ARNt) chez le model bactérien E. coli par RiboMethSeq. Sous plusieurs conditions de stress telles que le manque de nutriments ou des concentrations non létales d’antibiotiques, certaines 2’O-méthylations montrent une réponse adaptative. Alors que plus de la moitié des 2’O-méthylation en position 18 sont augmentées dans toutes les conditions de stress étudiées, les résidus 2’O-methylés à la positon 34 eux montrent un effet opposé avec une diminution dans certains stress comme le chloramphénicol et la streptomycine. Chacun de ces deux comportements dynamiques peut être relié à un phénomène de régulation cellulaire en réponse au stress. Un changement au niveau de la « wobble base » (position 34) pourrait être un moyen de réguler la traduction en modifiant l’usage des codons. En ce qui concerne la modification Gm18, son rôle dans l’évasion du système immunitaire inné lors de l’invasion d’un hôte est en cours d’élucidation.