La plateforme EpiRNA-Seq, en collaboration avec des chercheurs du laboratoire IMoPA et des partenaires européens, a développé une nouvelle technique à haut-débit permettant de localiser et quantifier les résidus pseudouridylés au sein des ARN ! Zoom sur cette nouvelle méthode !

Développer des méthodes permettant de détecter au nucléotide près des modifications au sein des ARN reste un défi majeur en épitranscriptomique ! Des approches de cartographie de nouvelle génération basées sur le séquençage ont récemment émergé mais, souvent, elles ne sont pas quantitatives et manquent de spécificité.
Une des modifications les plus abondantes dans les ARN est la pseudouridine (ψ) produite par isomérisation de l'uridine. Sa cartographie implique classiquement une dérivatisation avec du carbodiimide soluble (CMCT), qui est sujet à des variations rendant cette approche seulement semi-quantitative.
HydraPsiSeq, est une nouvelle technique de cartographie quantitative basée sur une protection spécifique contre le clivage hydrazine / aniline. Elle nécessite des quantités infimes d'ARN (à partir de 10 à 50 ng), ce qui rend compatible ce protocole avec le profilage à haut-débit de divers échantillons biologiques ou cliniques.

En collaboration avec des partenaires européens (Pr Mark Helm, Allemagne et Pr Denis LJ Lafontaine, Belgique) et deux équipes du laboratoire IMoPA (UMR7365, CNRS-Université de Lorraine), celles du Pr Iouri Motorine et Dr Astrid Pinzano, les ARNr humains ont été analysés et profilés, révélant de fortes variations des niveaux de pseudouridylation à ∼20-25 positions sur un total de 104 sites. La dynamique de la pseudo-uridylation de l'ARNr tout au long de la différenciation chondrogénique des cellules souches de la moelle osseuse humaine a pu être observée.

HydraPsiSeq est ainsi une approche robuste pour la cartographie systématique et la quantification précise des pseudo-uridines dans les ARN avec des applications dans les maladies, le vieillissement, le développement, la différenciation et /ou la réponse au stress.